Ordenado sacerdote en 1981. El 4 de julio de 2004, Córdova fue detenido y encarcelado por presunta violación y corrupción de un menor. Hasta entonces Córdova se había desempeñado como párroco en Temacapulín, Jalisco, y la víctima era un niño de 11 años con síndrome de Down. El presunto delito había ocurrido poco antes, cuando Córdova se llevó aparte al niño para que se confesara. Al día siguiente de producirse la detención del sacerdote, el entonces obispo de San Juan de los Lagos, Javier Navarro Rodríguez, optó por celebrar la misa crismal de Jueves Santo en la cercana ciudad de Tepatitlán, donde se desarrollaba el proceso penal, en lugar de hacerlo en la catedral diocesana. Según un artículo publicado en Proceso, el obispo Navarro defendió a Córdova durante la misa y declaró: «Estoy absolutamente convencido de que el padre Rafael Córdova es inocente de violación». El 14 de mayo…